Центральний відділ нервової системи ланцетника являє собою нервову трубку, що лежить на спинній стороні над хордою.
Центральна нервова система — це нервова трубка, розташована над хордою, її передній кінець повністю не доходить до кінця хорди (звідси походить і назва класу головохордові).
Хорда тягнеться уздовж тіла під нервовою трубкою. У покривників вона є лише в хвості (звідки їх друга назва «хвостохордові»), у ланцетника доходить до переднього кінця тіла (звідки назва «головохордові»), а в хребетних — лише до гіпофізу.
Під хордою міститься травна система. На передньому кінці тіла знизу є ротовий отвір, через який дрібні організми, які є їжею ланцетника, зі струмом води потрапляють у широку глотку. Глотка має безліч отворів — зябрових щілин, через які видаляється вода. Харчові частинки спрямовуються у кишечник, де їжа перетравлюється.
Тип Хордові об'єднує риб, земноводних, плазунів, птахів і ссавців. Існує понад 41 000 видів хордових тварин (в Україні – майже 750), що становить всього 3 % від загальної кількості видів усіх тварин. Але, незважаючи на це, хордові поширені по всій земній кулі й часто живуть в умовах, недоступних для інших тварин.
Статеві клітини виводяться у навколо зяброву порожнину, а звідти через зяброву пору назовні. Рух. Ланцетник веде малорухомий спосіб життя, заривається у пісок мілин, виставляючи передній кінець тіла назовні.
В задній частині глотки корені аорти зливаються в спинну аорту (aorta dorsalis), яка проходить під хордою до кінця хвоста.